1、员工不配合工作的，如果是不配合履行劳动合同中应该由劳动者履行的义务的，那么可以开除不配合工作的员工，如果是强行安排不属于劳动者的工作，那么不配合工作属于劳动者自身的权利。
2、法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条，劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：
(一)在试用期间被证明不符合录用条件的;
(二)严重违反用人单位的规章制度的;
(三)严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的;
(四)劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的;
(五)因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的;
(六)被依法追究刑事责任的。