用人单位扣押劳动者的相关证书不合法，根据《劳动合同法》第九条规定，用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件。其他证件包括学历证书、毕业证书、职业资格证书等。扣押劳动者居民身份证等证件的，由劳动行政部门责令限期退还，给予处罚。