公司与对方公司的合同应是否有效视情况而定，根据相关法律规定，企业之间签订合同，双方除法人代表或被委托人签名外，还应加盖企业公章。在对方未盖章的情况下，当事人一方已履行合同主要义务，对方接受的，该合同视为成立有效。
根据相关法律规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。
法律、行政法规规定或者当事人约定合同应当采用书面形式订立，当事人未采用书面形式但是一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。