1、如果股东资格及其股权的争议发生在股东与第三人之间，则应以公司登记作为认定股东资格及其股权的依据。如果股东资格及其股权的争议发生在公司与股东、股东与股东或者股份出让人与受让人之间，这时的股东登记只具有前述的公示效力，应当以股东名册的记载和公司章程记载为认定股东资格及其股权的依据。
2、股东名册具有权利推定的效力，公司股东是在股东名册上记载的人。因此，如果股东资格及其股权的争议发生于公司与股东、股东与股东或者股份出让人与受让人之间，应当按照股东名册的记载来认定股东资格及其股权，包括对出资人和股权受让人的股东资格及其股权的认定。
如果公司未置备股东名册，或者因股东名册登记管理不规范，未及时将出资人或者受让人记载于股东名册，但以其他方式能够证明出资人或者受让人的股东身份的，如已当选为公司董事参与公司决策或已经分取公司红利的，就可以认定出资人或者受让人的股东资格。